Iniziato nel 1601 da Antonuzzo Gagini, l’edificio – adibito ad ospitare le Corti di Giustizia – fu continuato dal figlio Giandomenico e quindi dal nipote Francesco, attraverso l’aggiunta di successive decorazioni.
La Corte Capitaniale costituisce uno dei più importanti edifici pubblici rinascimentali tuttora esistenti in Sicilia.
Nella seconda metà dell’Ottocento, durante interventi di risistemazione della viabilità cittadina, il palazzo venne troncato da un lato, per ampliare la via Vittorio Emanuele, e allungato dall’altro, con l’abbattimento del campanile della Chiesa del Crocifisso.
Gli interventi realizzati dall’architetto calatino Giambattista Nicastro interessarono anche gli interni.
Di proprietà comunale, oggi ospita mostre e iniziative culturali.