Ospitato nel Complesso Monumentale dei Frati Minori Conventuali, nasce per tutelare e far conoscere al pubblico i tesori della Cattedrale e di altre chiese del territorio diocesano.
La collezione si compone di un patrimonio variegato: opere di artisti di tutte le epoche, preziosi tessuti dei paramenti sacri, argenti a sbalzo e cesello, monumentali ostensori, preziosi gioielli in oro, corallo e madreperle offerti come segno di ringraziamento e lode per grazie ricevute.
Spicca tra tutte Il Trono di Grazia, la tavola fiamminga più antica della Sicilia, cui si affiancano opere pittoriche e sculture lignee e una sezione di maioliche a soggetto religioso, espressione dell’arte tipica del territorio.
È del 2016 la donazione della Collezione di Acquasantiere Luigi Colaleo, che comprende manufatti di provenienza isolana, nazionale e da alcuni Paesi esteri. Negli ultimi anni il Museo ha ricevuto numerose donazioni di opere contemporanee che trovano posto lungo il percorso della collezione permanente.
