Erigido a partir de 1568, año en que los Frailes Capuchinos se establecieron en Licodia Eubea, el convento contaba en 1650 con veintiuna celdas, cuatro sacerdotes, un clérigo y seis laicos.
El terremoto de 1693 destruyó la iglesia, que fue reconstruida en los años siguientes a menor escala.
En 1722 se terminó el pórtico de piedra tallada, sobre el que se colocó una terraza.
En 1866, el convento fue suprimido y la propiedad fue requisada por el Estado.
En 1885, sin embargo, los Frailes Capuchinos recuperaron su convento, que siguen poseyendo en la actualidad.
El interior de la iglesia se compone de un aula rectangular terminada con un gran arco, las paredes laterales están divididas por tres arcos por un lado dentro de los cuales se encuentran profundos nichos de mampostería que albergan tantos altares.
Al igual que en la iglesia de Santa Margherita, la bóveda está compuesta por una estructura de madera que soporta un aparato de caña y yeso acabado en estuco.
El gran lienzo situado sobre el altar mayor, que representa el Perdón de Asís, fue realizado en 1676 por Mariano Cusmano, pintor de Licodia Eubea.
