Eretto a partire dal 1568, anno in cui i Frati Cappuccini si stabilirono a Licodia Eubea, il convento nel 1650 contava ventuno celle, quattro sacerdoti, un chierico e sei laici.
Il terremoto del 1693 distrusse la chiesa, che venne ricostruita negli anni a seguire in dimensioni ridotte. Nel 1722 fu completato il porticato in pietra intagliata, su cui fu collocato un terrazzo.
Nel 1866 il convento venne soppresso e i beni furono requisiti dallo Stato. Nel 1885 però, i padri Cappuccini riacquisirono il proprio convento, in loro possesso fino ai giorni odierni.
L’interno della chiesa è composto da un’aula rettangolare conclusa da una grande arcata, le pareti laterali sono suddivise da tre arcate per lato entro le quali sono ricavate profonde nicchie in muratura che ospitano altrettanti altari.
Come nella Chiesa di Santa Margherita, la volta è composta da una struttura lignea che sostiene un apparato in canne e gesso rifinito a stucco. La grande tela che sovrasta l’altare maggiore, raffigurante il Perdono di Assisi, venne realizzata nel 1676 da Mariano Cusmano, pittore di Licodia Eubea.
